Oddelek za slavistiko na drugi stopnji študija izvaja devet programov: dvopredmetne študijske programe Češki jezik in književnost, Južnoslovanski študiji, Polonistika, Primerjalno slovansko jezikoslovje, Rusistika in Slovakistika ter dvopredmetne pedagoške študijske programe Polonistika, Rusistika in Slovakistika.
Študijski program na drugi stopnji traja 2 leti (4 semestre) in obsega skupaj 60 (dvopredmetni) oz. 120 (enopredmetni) kreditnih točk.